할리 퀸은 “배트맨: 애니메이티드 시리즈”에 조커의 애인으로 처음 등장했고, 1993년 발간된 타이 인 코믹 북 시리즈 『배트맨 어드벤처』에 등장했다. 그로부터 6년이 흐르고 나서야 그녀는 비로소 주류 DC 유니버스에 진입했는데, 모든 배트맨 타이틀을 아우르는 장대한 『배트맨: 노 맨스 랜드』 크로스오버가 진행되는 동안 자신의 이름을 딴 특별 원샷 이슈에서 소개되었다. 여기서 소개된 기원 이야기에서 할리는 사실 정신과 의사가 아니라 인턴에 불과했다. 그녀는 조커와 사랑에 빠져 그를 감옥에서 탈출시켰고, 그의 관심을 끌기 위해 붉은색과 검은색 어릿광대 의상을 입음으로써 완전히 광대로 변신했다. 할린 퀸젤 박사에서 슈퍼 빌런 할리 퀸으로의 극적인 변화는 할리의 오락가락하는 정신과 과장을 좋아하는 성격 때문에 시간이 흐르며 변화해 왔다. 원래 할린은 자신이 아캄에서 손꼽히게 위험한 수감자 조커와 사랑에 빠졌고, 어느 날 꾸지람하던 상관을 찌르고 조커와 함께 도망쳤다고 주장했다. 조커는 할린을 A.C.E. 화학 공장으로 데려가 화합물이 담긴 수조에 빠뜨렸는데, 그로 인해 그녀의 피부가 하얗게 탈색되었고, 머리카락은 붉은색과 검은색으로 번했다. 이후 정신이 나간 그녀는 자신을 할리 퀸이라고 부르며 조커와의 연애를 시작했다. 하지만 최근에 할리는 그 이야기에서 몇 대목을 바꿨다. 자신이 아캄 정신병원에서 일하던 의학 박사였고, 수감자들이 자신에게 마음을 터놓지 않는 것에 대해 고민하다가 소장을 설득해 아캄 정신병원의 수감자가 되어 그들과 가까워지려고 했다. 그를 위해 금발을 붉은색과 검은색으로 염색하고 미친 연기를 했는데, 그것이 조커의 관심을 끌었다. 그녀는 슈퍼 빌런과 사랑에 빠졌고, 이후 그를 정신병원에서 탈출시켰다. 그녀가 처음 들려준 이야기처럼 범죄의 광대 황태자는 할리를 화합물이 든 수조에 빠뜨렸다. 피부가 하얗게 물든 그녀는 정신이 나갔다. 진실이 무엇이든 간에 할리는 잠깐 동안 조커의 일등 공범이었고, 그의 관심을 끌기 위해 평소보다 더 미친 척 행동했다. 그러나 그는 곧 그녀를 차 버렸고 할리는 이 일, 저 일을 전전했다.